Osmansko je Carstvo više od četiri stoljeća oblikovalo upravni ustroj Bosne i Hercegovine, a granice i nazivi pokrajina mijenjali su se više puta kako se širila ili preuređivala carska vlast. Pregled razvoja od prvih stalnih posada do vilajetske organizacije pokazuje kako je prostor današnje BiH bio uklapan u različite osmanske upravne jedinice, od provincija i sandžaka do ejaleta i vilajeta.
Prvi stalni osmanski vojni oslonac na području današnje Bosne i Hercegovine uspostavljen je u proljeće 1448., nakon zauzimanja tvrđave Hodidjed. Tada je osnovana provincija Hodidjed, priključena Skopskom krajištu. Petnaest godina poslije osmanska vojska stigla je do Drine i počela osvajanje Bosanskog kraljevstva, a jedan za drugim padali su Bobovac, Visoko, Travnik i Jajce.
U osmanskom osvajanju posebno se izdvaja sudbina kralja Stjepana Tomaševića, koji se povukao u tvrđavu Ključ. Nakon četverodnevne opsade predao se uz jamstvo Mahmut-paše da će mu život biti pošteđen, no potom je odveden u Jajce, gdje je, prema navodu, pogubljen po zapovijedi sultana Mehmeda II. Iste 1463. godine osnovan je Bosanski sandžak, dok je Hercegovina još neko vrijeme ostajala izvan pune osmanske kontrole.
Na području Hercegovine herceg Stjepan Vukčić Kosača zadržao je vlast do 1465. godine, kombinirajući diplomaciju i ratovanje. Nakon njegova povlačenja u Novi, taj je grad odolijevao do 1482., kada ga je morao napustiti i Vlatko Hercegović Kosača. Na osvojenim područjima kasnije je veliki vezir Ahmet-paša Hercegović utemeljio sandžak Hercegovinu.
Novim preustrojem Carstva 1580. uspostavljen je Bosanski ejalet, na čelu s begler-begom, a prvi na toj dužnosti bio je Ferhad-beg Sokolović. Ejalet je isprva obuhvaćao prostore današnje Bosne i Hercegovine, ali i dijelove Hrvatske, Crne Gore i Srbije, te je ujedinjavao više sandžaka, među njima Bosanski, Hercegovački, Kliški, Krčko-lički, Cernički, Zvornički i Požeški. Naslov bosanskog beglerbega s vremenom se povezuje i s titulom vezira.
Tijekom 17. i 18. stoljeća upravni se ustroj više puta mijenjao. Prizrenski i Vučitrnski sandžak vraćeni su Rumelijskom ejaletu, nakon osvajanja Bihaća osnovan je Bihaćki sandžak, a potom su u ratovima izgubljeni Cernički i Lički sandžak. Početkom 19. stoljeća ukinuti su Kliški i Zvornički sandžak, a 1833. od Hercegovačkog sandžaka utemeljen je poseban Hercegovački pašaluk s vezirom na čelu.
Reorganizacijom 1851. ukinuti su sandžaci i kadiluci, a Bosanski pašaluk podijeljen je na pet okruga, dok je Hercegovački pašaluk imao tri okruga. Nova reforma iz 1865. spojila je Bosanski i Hercegovački pašaluk u vilajet na čelu s valijom. Taj je vilajet bio podijeljen na sedam sandžaka, a 1872. iz njega je izdvojen Novopazarski sandžak. U vrijeme rasplamsalog Hercegovačkog ustanka Hercegovački je pašaluk ponovno izdvojen uoči austrougarske okupacije.
Promjene se vide i po sjedištima uprave. Bosanski pašaluk bio je 59 godina u Banjoj Luci, potom 48 godina u Sarajevu, zatim 163 godine u Travniku, a pred kraj osmanske vlasti opet u Sarajevu. Sjedište Hercegovačkog pašaluka cijelo je vrijeme bilo u Mostaru, što pokazuje koliko je taj grad bio važan u osmanskoj upravi tog područja.